Da ejendommen nævnes for første gang i 1507, kaldes den Skt. Birgitte Stenhusgaard. Den tilhørte Køge Kirke og var i modsætning til de fleste af byens ejendomme en grundmuret gård. Fra 1550-1758 blev gården benyttet som Kapellanbolig og kaldtes Kapellanens Residens. I denne periode var gården ikke udsat for større forandringer. Den første ejer af gården var ifølge de gample papirerKøge Kirke. I de gamle papirer står skrevet: "Køge Kirke. Adkomst til Gaarden mellem 1391, da den hellige Birgitta blev kanoniseret, og 1507, hvor Kirken yderligere erhvervede den Nord for beliggende Gaard."

De spor, som er tilbage af den middelalderlige Skt. Birgittas Stenhusgård, er kælderen og den søndre gavl med en spidsbuet vinduesniche. Kælderen menes at være den bedst bevarede kælder i Køge og er samtidig den ældste. Hugos Vinkælder, som ligeledes er tilgængelig for offentligheden, er tidligst opført ca. 1600.

Kapellangaarden menes desuden at have en vis forbindelse med sagen om Køge Huskors samt meget andet indenfor præstegerningen.

Klik på "Billeder før" og "Billeder efter" i menuen til venstre for at se billeder fra før og under udgravningen samt efter færdiggørelsen.